要以一个新人的心态继续学习的心态，所以只带着皮卡丘只身前往丰缘地区，在那里认识了新人训练家小遥和她弟弟小胜，后来小刚又重新加入，于是四人并展开全新的冒险。
超世代共分为丰缘联盟及对战开拓区两篇，和第一部的不同的是，故事变成了两条主线：一方面小智为了参加丰缘联盟，努力挑战道馆而收集徽章。联盟大会结束后，改为挑战故乡关都地区的对战开拓区；另一方面小遥以成为顶级协调训练家为目标，挑战各地的宝可梦华丽大赛取得缎带，参加华丽大型庆典。
两人都为了达成各自的目标，与宝可梦一起奋斗。
对战开拓区篇结束后，小遥为了独自挑战城都地区的华丽大赛和小智告别，小胜回到了橙华道馆。
小智受到了小茂的鼓励，独自带着皮卡丘和偷跟去的的长尾怪手前往神奥地区开始新的挑战。
小智、小光和小刚3人的旅程并非一帆风顺，他们在路途上遇上很多人和事，小智曾惨败给真司，小光也曾在2次宝可梦华丽大赛的第一次审查惨遭淘汰出局。
几经辛苦，小光终于集齐5枚缎带徽章，她在神奥华丽大型庆典表示出色，第一次参加便晋级决赛，但在决赛以稍微差距输给好友小望；小智也集齐8枚徽章，他在神奥联盟有好得开始，在第1回战打败尚志，第2回战打败某女路人，第3回战(16强)打败考平，8强更打败真司，可是他无法势如破竹而在准决赛惨败给达克多，在4强出局。
神奥旅程随着神奥联盟结束而来到尾声，小智及小刚曾邀请小光一起前往关都地区，但小光因卷卷耳被邀请而不能前来，当天的日落，小智在码头上和小光以最后一次击掌道别，与皮卡丘及小刚乘船返回关都地区。
第二天日出后，小智和小刚回到关都地区，在前往真新镇及深灰市的分叉路口，小智和小刚握手及互相祝福对方后正式告别。
小智和皮卡丘终于看见真新镇，他们跑进返回真新镇前的最后一段路，神奥之旅程正式划上句号。
小智和皮卡丘踏入新的冒险舞台——合众地区，这里居住着许多他们所不知道的宝可梦。
当小智知道合众地区的宝可梦后，便马上报名和踏上新的旅程，途中更遇上艾莉丝、牙牙与天桐，新的冒险就这样开始了。
而跟着冒险而来的是脱胎换骨的火箭队，另外在寻找新的宝可梦以及新的邂逅的道路上，有更多的考验在等着他们。
随着小智取得8个徽章,脚盆子在2012
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