朱炎的《淮安献策》如同一声惊雷，在沉寂已久的崇祯朝堂炸响。通政司将这份厚厚的奏章呈递御前后，皇帝于文华殿闭门独览竟日，随后便召集阁臣、六部尚书及都察院、科道重要官员进行密议。尽管内容未曾公开，但“朱炎”二字以及“漕运”、“卫所”、“海防”等关键词，已足以在消息灵通的京城官场掀起巨大波澜。
各方反应迅疾而迥异。
以漕运总督、沿线部分州县官员及背后利益集团为代表的既得利益者，对朱炎恨之入骨。奏章中揭露的弊案和提出的改革措施，直指他们的命脉。一时间，弹劾朱炎“年少轻狂、苛察邀功、扰乱成法、动摇国本”的奏疏雪片般飞向内阁和司礼监。有人攻击他巡察期间“擅权专断、凌辱地方”；有人质疑他奏章中的数据“夸大其词、危言耸听”；更有人隐晦地暗示他结交内侍（指之前王瑾之事）、图谋不轨。
然而，令人意外的是，都察院和六科廊中，一批以清流自居、素来与漕运利益集团无涉的年轻言官，在仔细打听到奏章部分内容后，却对朱炎大加赞赏。他们纷纷上疏，支持朱炎“剔弊兴利”、“振刷积腐”的主张，称赞其“忠勤体国、见识卓远”，与攻击者展开了激烈的笔墨官司。朝堂之上，围绕着朱炎的奏章，无形中形成了支持与反对的两派，争论不休。
身处漩涡中心的朱炎，此时已悄然返回京城。他没有立刻回到工部衙门，而是先闭门谢客，仅与徐博士及“明理堂”核心成员进行了小范围沟通。徐博士告诫他：“风浪已起，当以静制动。陛下圣心独断，非浮议可移。”“明理堂”成员则纷纷为他分析朝中各方势力动向，出谋划策。
朱炎沉心静气，对所有的攻击和赞誉都保持沉默，既不辩解，也不邀功。他深知，最终的裁决权在皇帝手中。他按部就班地回到工部履职，对待上司同僚依旧谦和有礼，处理公务依旧勤勉细致，仿佛外间的风波与他无关。他甚至主动找到那位曾来核查火器档案的锦衣卫军官，将巡察途中收集到的关于卫所武备废弛、特别是火器管理混乱的一些补充证据交出，以示自己一心为公，毫无私念。
这场争论持续了半月有余。终于，一道中旨（不经内阁票拟，由皇帝直接下达的命令）下发至工部及相关部门，对《淮安献策》做出了初步回应：
皇帝首先肯定了朱炎“不避艰险，悉心体察，所奏诸多切中时弊”，对其忠诚与才干表示赞赏。随后，决定采纳奏章中的部分建议：
责令户部、工部会同漕运总督，重新核定漕粮
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